コーヒーがいつ頃から人間に利用されていたかは、はっきりしていない。果実の赤い果肉は甘く食べられるため、種子の効用を知る機会も多かったと考えれば、有史以前から野生種が利用されていても不思議ではない。実際、アラビカ種は原産地エチオピアで古くから利用されていたとする説があり、リベリカ種は西アフリカ沿岸でヨーロッパ人が「発見」する以前から栽培・利用されていた。栽培史概略はコーヒーノキ参照。
現在見られる「焙煎した豆から抽出したコーヒー」が登場したのは13世紀以降と見られる。
最初は一部の修道者だけが用いる宗教的な秘薬であり、生の葉や豆を煮出した汁が用いられていた。しかし、焙煎によって嗜好品としての特長を備えると一般民衆へも広がり、1454年には一般民衆の飲用が正式に認められ、中東・イスラム世界全域からエジプトまで拡大した。 オスマン帝国トルコからバルカン諸国、ヨーロッパには、16世紀に伝わり、1602年のローマ以降、17世紀中にヨーロッパ全土に伝播した。北米には、1668年ヨーロッパからの移民によって伝わった。
日本へは18世紀末にオランダ人が持ち込み、最初の記録は、1804年の大田南畝による。
抽出法も工夫され、挽いたコーヒー豆を煮出して上澄みを飲むトルココーヒー式の淹れ方から、まず布で濾す方法（1711年フランス）が開発され、布ドリップの原型となった。これに湯を注ぐ器具として、ドゥ・ベロワのポット（1800年頃フランス）が考案され、現在のドリップポットに至る。この他にも、パーコレータ（1827年フランス）、コーヒーサイフォン（1830年代ドイツ）、エスプレッソマシン（1901年イタリア）、ペーパードリップ（1908年ドイツ）などが開発され、多様な飲み方が可能となった。

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「コーヒー」はアラビア語でコーヒーを意味するカフワ (qahwa) が転訛したものである。元々ワインを意味していたカフワの語が、ワインに似た覚醒作用のあるコーヒーに充てられたのがその語源である。一説にはエチオピアにあったコーヒーの産地カッファ (Kaffa) がアラビア語に取り入れられたものとも。
この語がコーヒーの伝播に伴って、トルコ（トルコ語: kahve）、イタリア（イタリア語: caffe）を経由し、ヨーロッパ（フランス語: cafe、ドイツ語: Kaffee、英語: coffee）から世界各地に広まった。日本語の「コーヒー」は、江戸時代にオランダからもたらされた際の、オランダ語: koffie （コーフィー）に由来する。
漢字による当て字である「珈琲」は、大垣藩（現在の岐阜県大垣市）藩医の息子であった蘭学者宇田川榕菴（うだがわ ようあん）が考案し、蘭和対訳辞典で使用したのが、最初であると言われている。これ以外にも、「可否」（可否茶館）、「カウヒイ」（大田南畝『瓊浦又綴（けいほゆうてつ）』）、「哥非乙」（宇田川榕菴『哥非乙説』）などの表記も過去には用いられた。